Причин тому было сразу несколько.

Протестантские власти Голландской республики и Британской империи развязали каперскую войну на море против католических держав — Испании и Португалии, пытаясь таким образом ослабить их глобальное экономическое влияние.

В то же время Филипп IV Испанский (время правления 1621—1665) ополчился против контрабандной торговли серебром из мексиканских и перуанских рудников, которое также шло в Китай через Тихий океан, и, пытаясь добиться монопольной торговли с Китаем, отправлял корабли непосредственно из испанских портов в Манилу.

В 1639 году правительство Токугавы в Японии практически прекратило торговлю с европейскими державами, таким образом нанеся ущерб ещё одному источнику, через который серебро могло поступать в Китай. Впрочем, приток серебра из Японии всё же продолжался, хотя и в небольшом количестве; потеря южноамериканского серебра была более существенной. Существует также мнение, что резкий рост цен на серебро в XVII столетии был спровоцирован скорее падением спроса на китайские товары, а не уменьшением количества серебряной валюты.

Все эти события произошли приблизительно в одно и то же время, и их совместное воздействие вызвало резкий скачок цен на серебро, и привело к тому, что многие из китайских провинций оказались не в силах выплачивать в казну причитающиеся с них налоги. Чем дороже становилось серебро, тем неохотнее с ним расставались, — таким образом, количества серебра на рынке продолжало уменьшаться и вместе с тем выросла инфляция медных денег.

Помимо этого кризис усугублялся значительным демографическим ростом (население Минской империи в начале XVII века увеличилось в 3—4 раза по сравнению с концом XIV века). Рост населения, разорение деревни и стихийные бедствия резко обострили продовольственную проблему. Зерна на душу населения становилось всё меньше, и оно дорожало. В частном секторе шло массовое разорение крестьян-владельцев земли и превращение их в арендаторов, которых ожидала высокая арендная плата. Парадоксально, но одновременно с этим расцветали города: приток свободной дармовой рабочей силы сопутствовал развитию ремесла, шахт, рудников, транспорта, однако далеко не все ушедшие в города могли устроиться на работу. Многие из них становились безработными, пополняли ряды нищих, воров и бандитов.

В начале XVII века на Севере Китая голод стал постоянным явлением, виной тому были долгие, суровые зимы, в промежутке между которыми урожай просто не успевал вызревать — это время известно под именем Малого Ледникового периода. Голод, наряду с постоянно растущим налоговым бременем, разгул военных грабежей и мародерства, слабеющая система помощи бедным, постоянные наводнения, а также неспособность центрального правительства грамотно руководить ирригационными и противопаводковыми работами — всё это привело к высокой смертности, обнищанию и всемерному ожесточению населения. Само правительство, практически лишённое налоговых поступлений, было не в состоянии бороться с обрушившимися на страну бедствиями. Ко всему прочему, разразилась эпидемия, опустошив страну от Чжэцзяна до Хэнаня.

Малый ледниковый период (МЛП) — период глобального относительного похолодания, имевший место на Земле в течение XIV—XIX веков. Самый холодный период по среднегодовым температурам за последние 2 тысячи лет. Малому ледниковому периоду предшествовал малый климатический оптимум (примерно X—XIII века) — период сравнительно тёплой и ровной погоды, мягких зим и отсутствия сильных засух.

В 1640-х годах крестьян уже больше не пугала ослабевшая императорская армия. Регулярные войска попали в клещни между маньчжурскими войсками на севере и восставшими провинциями, в них усилилось брожение и дезертирство. Армия, лишённая денег и продовольствия, потерпела поражение от Ли Цзычэна, который к этому времени присвоил себе титул «князь Шунь».

Столица была оставлена практически без борьбы (осада длилась всего два дня). Предатели открыли ворота перед войсками Ли, и те беспрепятственно смогли войти внутрь. В апреле 1644 года Пекин покорился восставшим; последний минский император Чунчжэнь (Чжу Юцзянь) наложил на себя руки.

Со своей стороны маньчжуры воспользовались тем, что генерал У Саньгуй (1612—1678) позволил им беспрепятственно пройти через шанхайгуаньские заставы. Согласно китайским хроникам, военачальник собирался пойти на компромисс с Ли Цзычэном, однако возникла причина неполитического характера, воспрепятствовавшая этому: полученное от отца известие о том, что новый правитель решил забрать из дома Саньгуя его любимую наложницу, заставило полководца поменять своё решение. Взвесив все «за» и «против», У Саньгуй решил встать на сторону маньчжурских завоевателей. Маньчжурская армия под руководством князя Доргона (1612—1650), соединившись с войсками У Саньгуя, разбила восставших у Шаньхайгуани и вслед за тем подошла к столице. 4 июня князь Шун, оставив столицу, в замешательстве отступил. 6 июня маньчжуры вместе с генералом У заняли город и провозгласили императором юного Айсиньгёро Фулиня. Войско повстанцев потерпело ещё одно поражение от маньчжурской армии у Сианя и вынуждено было отступить по течению реки Хань вплоть до Уханя, потом вдоль северной границы провинции Цзянси. Здесь Ли Цзычэн нашёл свою смерть летом 1645 года, став первым и единственным императором династии Шунь.

Вскоре цинские войска прибыли и в Сычуань. Чжан Сяньчжун оставил Чэнду и попытался применить тактику выжженной земли, но в январе 1647 г. погиб в одном из сражений.

Очаги сопротивления маньчжурам, где ещё правили потомки минских императоров существовали ещё долгое время. Несмотря на потерю столицы и смерть императора, империя Мин всё ещё не была побеждена. Нанкин, Фуцзянь, Гуандун, Шаньси и Юньнань всё ещё оставались верны свергнутой династии. Однако на освободившийся трон претендовало сразу несколько князей и их силы оказались раздроблены. Один за другим эти последние очаги сопротивления подчинялись власти Цин, и в 1662 году вместе с гибелью Чжу Юлана, императора Юнли, исчезла последняя надежда на реставрацию Мин.